Época de la Colonia, Lima colonial
Orden de Nuestra Señora de la Merced, Hacienda de Surquillo y San Miguel de Miraflores
Después de la fundación de Lima en 1535 y el reparto de los solares entre los españoles. Pizarro inició el reparto de las tierras del valle, que constituyeron las encomiendas, que incluían tanto las tierras como las poblaciones indígenas allí establecidas, y que se entregaban a un conquistador o a las primeras órdenes religiosas que llegaron con la conquista. Así, parte de los actuales territorios de Miraflores, Surquillo y San Borja se adjudicaron a la orden de Nuestra Señora de la Merced, para su administración, con el nombre de Hacienda de Surquillo.
Los sacerdotes mercedarios fundaron un pequeño pueblo, junto a un tambo (ubicado en el actual Parque Miranda) y al camino inca que iba a Pachacamac y Armatambo, al que llamaron San Miguel de Miraflores, el mismo que tenía una capillita en honor a su patrono, se construyeron también casas con hermosas huertas y cerca de ellas las viviendas de la población indígena, la que trabajaban las tierras y servían a los señores españoles.
Los documentos escritos de esa época (Siglos XVI y XVII), mencionaron que la población indígena pertenecía al Señorío o Curacazgo de Sulco, cuyo curaca se llamaba Tanta Chumbe y al Curacazgo de Hualca, cuyo jefe era Chumbi Charnan, dedicándose a la agricultura y a la pesca.
Durante el Siglo XVIII, los padres mercedarios mantuvieron el control de las tierras miraflorinas, usufructuando sus productos y evangelizando a la población nativa. Posteriormente tuvieron una serie de problemas con el agua y otros de carácter administrativos, procediendo a su venta poco a poco, así en 1737 se registra la venta a los Condes de Villanueva del Soto y en 1800 Fray José de Azero compra el territorio llamado Miraflores.